Przewód pokarmowy człowieka może stać się siedliskiem dla pasożytów. Często inwazje przewodu pokarmowego dotykają dzieci oraz osoby podróżujące po krajach tropikalnych. Na przykład inwazja pierwotniaka Giardia intestinalis (lamblioza) może prowadzić do wystąpienia wzdęć, bólów brzucha oraz biegunek. Luźne stolce z domieszką śluzu i krwi mogą być spowodowane przez groźnego pierwotniaka Entamoeba histolytica. W jelicie grubym może zasiedlić się glista ludzka (Ascaris lumbricoides), włosogłówka (Trichuris trichiura) czy owsik ludzki (Enterobius vermicularis). Dlatego tak ważne są badania tropikalne.
Biegunka podróżnych
Najczęstszą przyczyną są bakterie, takie jak Escherichia coli, które dostają się do organizmu człowieka wraz z wodą i pokarmami. Objawy choroby mogą obejmować luźne wypróżnienia, częstość defekacji przekraczającą 3 razy na dobę, a także nudności, wymioty, bóle brzucha, wzdęcia, osłabienie oraz kurcze łydek. Biegunka może prowadzić do znacznego odwodnienia, które może wymagać hospitalizacji.
Zapobieganie biegunce podróżnych polega na przestrzeganiu zasad higieny tropikalnej, takich jak picie wody butelkowanej lub napojów po przegotowaniu, spożywanie owoców i warzyw obranych własnoręcznie ze skórki, unikanie surowego pożywienia, szczególnie produktów mlecznych, lodów i kostek lodu do napojów oraz mycie rąk przed posiłkiem.
Pneumocystoza
Pneumocystoza jest chorobą wywoływaną przez mikroorganizmy z rodzaju Pneumocystis, które atakują układ oddechowy, w szczególności płuca. Objawy pneumocystozy mogą obejmować duszność, kaszel, gorączkę oraz bóle w klatce piersiowej. Leczenie pneumocystozy opiera się na stosowaniu leków przeciwpasożytniczych, takich jak trimetoprim-sulfametoksazol.